Gastrointestinal sistem rahatsızlıklarında endoskopi işlemi tanı ve tedavi aşamasında her ikisinin aynı seansta gerçekleştirilebileceği çok etkin ve önemli bir yeri olan yöntemdir. Üst gis endoskopisi (özofagogastroduodenoskopi) ve alt gis endoskopisi (kolonoskopi) olmak üzere ana iki inceleme içerir. Gastrointestinal sistem rahatsızlıklarının çoğunda tanı için altın standarttır. Aynı zamanda tanısal işlem sırasında tedavisel işlemede olanak sağlar.